No local onde hoje está situada Embaúba não havia casas, igrejas, jardins; aqui era como a grande maioria das regiões afastadas da Capital Paulista, somente mato.
Por se localizar distante da cidade de São Paulo, e por ficar distante da faixa litorânea, a sua fundação se deu somente no início do nosso século (séc. XX). Ao redor de Embaúba existiam várias propriedades rurais onde nesta época não se dava valor à terra, pois ela era utilizada somente como meio de subsistência; só se plantava o necessário à sobrevivência.
Para sobreviver nesta região não era difícil, bastava ter um pouco de esforço para o plantio, que a sua sobrevivência estava garantida. Os produtos agrícolas que aqui eram plantados era o arroz, o feijão, o milho e outros produtos em pequenas quantidades.
O crescimento de nossa Vila foi tanto que no dia 16 de abril de 1934, pelo Decreto Lei nº. 6607, o povoado de Albuquerque foi levado a categoria de Vila, passando a ter como Comarca e Distrito Jaboticabal.
No ano seguinte, em 07 de março de 1935, devido a grande distância do Município Mãe, Jaboticabal, e a Vila, pelo Decreto Lei nº. 6997 de 07/03/35, passa a ser distrito de Pirangi, que tinha como Comarca Jaboticabal.
Em 1938, pelo Decreto Lei nº. 9775 de 30/11/38, Vila Albuquerque deixa de ser Distrito de Pirangi, passando a ser Distrito de Cajobi. Esta transferência se deu devido à distância entre Vila Albuquerque e Pirangi, que nesta época era de aproximadamente 45 km, enquanto que a distância de Vila Albuquerque até Cajobi era de aproximadamente 16 km.
Pelo Decreto Lei nº. 14.338 de 30/11/44 o nome de Vila Albuquerque deixa de existir, passando a ser Embaúba (devido à arvore EMBAÚBA).
Em 09 de janeiro de 1990, através Lei Estadual nº. 6.645, o Distrito é elevado à categoria de Município, com a denominação de Embaúba, desmembrado do município de Cajobi, pertencendo a Comarca de Olímpia.